Après la diète de 1530, Charles quitte L’Allemagne pendant plus d’une décennie, occupé par des troubles en Méditerranée, aux Pays-bas et, encore une fois, en France. En 1535, il fit campagne contre Tunis pour soumettre les pirates barbaresques qui, en tant que bras naval des Ottomans et en tant que corsaires et corsaires, avaient rendu la navigation dangereuse., La guerre renouvelée avec la France a été temporairement interrompue en 1538 par un traité censé durer 10 ans, mais en 1542, la France a frappé à nouveau, avec plusieurs Alliés européens, y compris le duc de Gueldre et Clèves (ou Kleve), dont les terres ont été revendiquées par Charles dans le cadre de son héritage Bourguignon. La conquête de ce duché par l’empereur en 1543, qui élargit considérablement sa base de pouvoir, et la paix qu’il conclut avec la France en 1544 (paix de Crépy), suivie d’un armistice en 1545 avec L’Empire Ottoman, le laissent enfin libre de traiter de manière décisive avec les Protestants allemands.,
la Politique de l’empereur envers les déviants religieux était guidée par son concept d’empire. Le Royaume universel sur lequel il espérait régner faisait face à des menaces extérieures et intérieures; son unité et son ordre souhaités étaient assaillis par des infidèles de l’extérieur et par des rivalités nationales et des hérésies de l’intérieur. Il avait fait face aux première et deuxième menaces; maintenant, il tourna son attention vers la troisième. Le protestantisme s’était rapidement répandu en Allemagne. Plus qu’une religion, c’était, dans les années 1540, un mouvement politique à part entière avec une capacité militaire croissante., Le nombre de territoires protestants avait récemment augmenté pour inclure, entre autres, le Brandebourg, le Palatinat, la Saxe Albertine et les évêchés de Cologne, Münster, Osnabrück, Naumburg et Mersebourg. En Philippe de Hesse, les luthériens avaient un stratège politique compétent. Au moins provisoirement, en attendant le règlement de toutes les questions religieuses par un conseil général, les Protestants avaient obtenu à contrecœur la reconnaissance de leur droit à exister., Un tel Concile fut en fait convoqué par le pape Paul III—bien que seulement sur la pression répétée de l’empereur-mais il y avait peu de signes que les États protestants se soumettraient. En 1545, donc, Charles a décidé de la guerre. Il trouva un prétexte dans la capture, par des princes luthériens, du duc de Braunschweig-Wolfenbüttel, un catholique qui avait tenté de reconquérir les terres dont il avait été expulsé par ses sujets luthériens., Affirmant que cette capture violait la loi impériale, Charles ouvrit le conflit en 1546, dans lequel il fut rejoint par Maurice, duc de Saxe, un prince luthérien ambitieux à qui Charles avait secrètement promis l’Électorat Saxon. La guerre qui s’ensuivit se divisa en deux phases, dont la première vit l’empereur victorieux à la bataille de Mühlberg, en 1547. Profitant de cette position forte, Charles en 1548 força les domaines à accepter un intérim, un règlement religieux temporaire aux conditions de l’empereur., Cependant, ce sont les concessions politiques que Charles exigea des domaines—concessions qui auraient durablement limité leur autonomie—qui menèrent à une reprise de la guerre. Parmi les Protestants, la tête était maintenant prise par Maurice de Saxe, qui avait abandonné l’empereur et avait obtenu le soutien matériel du nouveau roi de France, Henri II, pour combattre du côté Protestant. La « guerre des Princes » qui en résulta fut brève (1552-1553) et peu concluante, et en 1555, une paix fut signée lors d’une Diète impériale tenue, encore une fois, à Augsbourg.,
La Paix D’Augsbourg a fermé une époque de l’histoire allemande et en a ouvert une autre. Il a décidé de la question religieuse, mais l’a fait d’une manière liée à l’occasion des problèmes futurs. Il renforce l’autorité des princes sur leurs territoires mais ne parvient pas à régler leurs relations avec l’empereur. Le plus important, il a légalisé le luthéranisme, établissant la règle, plus tard incarnée dans l’expression cuius regio, eius religio (« celui qui gouverne le territoire décide de sa religion »), que chaque dirigeant de l’empire—c’est-à-dire,, chaque prince ou Gouvernement de la ville—pouvait opter pour la religion catholique romaine ou luthérienne (jus reformandi) et que ce choix était contraignant pour tout le monde sous la juridiction de ce souverain. Une seule foi pouvait légitimement exister dans un État donné, et cette foi devait être celle du souverain et ne pouvait être que le catholicisme ou le luthéranisme; le calvinisme, le Zwinglianisme et l’anabaptisme étaient exclus. Un sujet ne voulant pas vivre de ce choix était libre d’émigrer et d’emporter ses biens avec lui (disposition jugée libérale à l’époque)., Les propriétés confiscées de l’Église pouvaient être conservées par les gouvernements qui les avaient prises. Une réserve ecclésiastique a empêché les prélats au pouvoir de convertir leurs terres avec eux. Ces termes indiquent clairement que les vrais gagnants de la guerre et de toute la période de la réforme étaient les princes territoriaux, dont l’autorité et le pouvoir, qui englobaient maintenant l’Église, ont été considérablement accrus., Quant à L’empereur, il abdiqua frustré et se retira dans un monastère en Espagne, laissant ses couronnes espagnole et bourguignonne à son fils Philippe et l’empire et les terres des Habsbourg en Europe centrale à son frère Ferdinand. Ces deux hommes, comme Philippe II et Ferdinand Ier, catholiques forts d’esprit tous les deux, devaient jouer un rôle de premier plan dans la période de Contre-Réforme et de confessionnalisme qui a dominé l’Europe après 1555.
