contrairement aux champignons saprotrophes, les champignons parasites attaquent les organismes vivants, pénètrent leurs défenses externes, les envahissent et se nourrissent du cytoplasme vivant, provoquant ainsi des maladies et parfois la mort de l’hôte. La plupart des champignons pathogènes (pathogènes) sont des parasites des plantes., La plupart des parasites pénètrent dans l’hôte par une ouverture naturelle, telle qu’une stomie (pores d’air microscopiques) dans une feuille, un lenticelle (petite ouverture à travers l’écorce) dans une tige, un cheveu cassé ou une cavité capillaire dans un fruit, ou une plaie dans la plante. Parmi les maladies les plus courantes et les plus répandues des plantes causées par des champignons, on trouve les diverses mildiou (par exemple, du raisin, de l’oignon, du tabac), l’oïdium (par exemple, du raisin, de la cerise, de la pomme, de la pêche, de la rose, du lilas), les smuts (par exemple, du maïs, du blé, de l’oignon),,, de blé, d’avoine, de haricots, d’asperges, de Muflier, de rose trémière), de gale de pomme, de pourriture brune de fruits à noyau, et de diverses taches de feuille, brûlures, et flétrissements. Ces maladies causent de grands dommages chaque année dans le monde entier, détruisant de nombreuses cultures et autres sources de nourriture. Par exemple, presque toutes les forêts de châtaigniers des États-Unis ont été détruites par le champignon de la brûlure du châtaignier (Cryphonectria parasitica), et les Ormes aux États-Unis et en Europe ont été dévastés par Ophiostoma ulmi, le champignon qui cause la maladie hollandaise de l’Orme.,
L’Infection d’une plante a lieu lorsque les spores d’un champignon pathogène tombent sur les feuilles ou la tige d’un hôte sensible et germent, chaque spore produisant un tube germinatif. Le tube se développe à la surface de l’hôte jusqu’à ce qu’il trouve une ouverture; puis le tube pénètre dans l’hôte, met des branches entre les cellules de l’hôte et forme un réseau mycélien dans le tissu envahi., Les tubes germinaux de certains champignons produisent des organes de pressage spéciaux appelés appressoria, à partir desquels une cheville microscopique et aiguilletée appuie contre et perfore l’épiderme de l’hôte; après pénétration, un mycélium se développe de la manière habituelle. De nombreux champignons parasites absorbent la nourriture des cellules hôtes à travers les parois hyphales appressées contre les parois cellulaires des tissus internes de l’hôte. D’autres produisent des haustoria (structures absorbantes spéciales) qui se ramifient à partir des hyphes intercellulaires et pénètrent dans les cellules elles-mêmes., Les Haustoria, qui peuvent être de courtes protubérances bulbeuses ou de grands systèmes ramifiés remplissant la cellule entière, sont généralement produits par des parasites obligatoires (c.-à-d. invariablement parasites); certains parasites facultatifs (c.-à-d. occasionnellement parasites) les produisent également. Les parasites obligatoires, qui nécessitent un cytoplasme vivant et ont des besoins nutritionnels extrêmement spécialisés, sont exceptionnellement difficiles, et souvent impossibles, à cultiver dans un plat de culture en laboratoire. Des exemples de parasites obligatoires sont le mildiou, l’oïdium et la rouille.,
certains champignons forment des relations parasitaires hautement spécialisées avec les insectes. Par exemple, le genre fongique Septobasidium parasite les cochenilles (Ordre des homoptères) qui se nourrissent des arbres. Le mycélium forme des structures élaborées sur des colonies d’insectes se nourrissant de l’écorce. Chaque insecte enfonce sa trompe (organe suceur tubulaire) dans l’écorce et y reste le reste de sa vie, aspirant la sève. Le champignon plonge haustoria dans le corps de certains insectes et s’en nourrit sans les tuer. Les insectes parasités sont cependant rendus stériles., La perpétuation des espèces d’insectes et la propagation du champignon sont accomplies par les membres non infectés de la colonie, qui sont protégés des ennemis par le corps du champignon. Les cochenilles nouvellement écloses rampent sur la surface du champignon, qui sporule à ce moment-là. Les spores fongiques adhèrent aux jeunes insectes et germent. Lorsque les jeunes insectes s’installent dans un nouvel endroit sur l’écorce pour commencer à se nourrir, ils établissent de nouvelles colonies fongiques. Ainsi, une partie de la colonie d’insectes est sacrifiée au champignon comme nourriture en échange de la protection fongique fournie pour le reste des insectes., L’insecte parasite de l’arbre et le champignon parasite de l’insecte, mais l’arbre en est la véritable victime.
Les moisissures fuligineuses constituent un autre groupe écologique intéressant de champignons associés aux insectes. La majorité des moisissures sont tropicales ou subtropicales, mais certaines espèces sont présentes dans les zones tempérées. Toutes les moisissures sont épiphytes (c’est-à-dire qu’elles poussent à la surface d’autres plantes), mais seulement dans les zones où les cochenilles sont présentes. Les champignons ne parasitent ni les plantes ni les insectes mais se nourrissent exclusivement des sécrétions de miellat des cochenilles., Cependant, la croissance du mycélium sombre sur les feuilles de la plante est souvent si dense qu’elle réduit considérablement l’intensité de la lumière qui atteint la surface de la feuille; cette réduction réduit considérablement le taux de photosynthèse. Les associations insectes-champignons trouvées dans les forêts tropicales D’Amérique centrale et D’Amérique du Sud incluent la relation unique des fourmis coupe-feuilles (parfois appelées fourmis parasols) avec des champignons de la famille des Lepiotaceae (phylum Basidiomycota)., Les fourmis cultivent les champignons dans leurs nids comme un approvisionnement alimentaire continu et sécrètent des enzymes qui stimulent ou suppriment la croissance des champignons.