Student of nature
in 1861 Muir entered the University of Wisconsin to study science. Ele também tentou estudar medicina, mas logo desistiu para vários trabalhos que desafiou sua habilidade em inventar coisas. Seu interesse pela natureza, particularmente as plantas, estava crescendo; ele fazia viagens freqüentes por Wisconsin e estados vizinhos para observar a vida vegetal. Em 1867 ele desistiu de suas próprias invenções “para estudar as invenções de Deus.,”Ele partiu na caminhada descrita em uma caminhada de mil milhas para o Golfo (1916). Na verdade, ele foi até Cuba. Em 1868 viajou para São Francisco, Califórnia, e trabalhou em um rancho de ovelhas. Explorar o Vale de Yosemite ocupou grande parte dos seus próximos seis anos. Em todas as suas explorações ele manteve um diário de observações científicas e pessoais e também desenhos a lápis. em 1880, depois de voltar de explorar no Alasca, Muir casou-se com Louie Wanda.
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Strentzel, a filha de um cultivador de plantas polaco. Eles teriam dois filhos. Em 1881, depois de outra viagem ao Alasca, Muir estabeleceu-se em um rancho de frutas perto de Martinez, Califórnia. Ele trabalhou durante dez anos para ganhar dinheiro suficiente para que ele parasse. Tendo providenciado permanentemente para sua esposa, duas filhas e a si mesmo, ele voltou sua atenção plena para o estudo da natureza. Os glaciares e o congelamento interessaram-lhe particularmente, e o seu trabalho contribuiu para uma explicação do processo pelo qual os glaciares são formados. Ele também foi em expedições para a Europa, Ásia e Austrália.