em contraste com os fungos saprotróficos, fungos parasitários atacam organismos vivos, penetram suas defesas externas, invadem-nos, e obter alimento do citoplasma vivo, causando assim a doença e às vezes a morte do hospedeiro. A maioria dos fungos patogénicos (causadores de doenças) são parasitas das plantas., A maioria dos parasitas entra no hospedeiro através de uma abertura natural, como um estoma (poro de ar microscópico) em uma folha, um lenticel (pequena abertura através da casca) em um caule, um cabelo de planta quebrado ou uma tomada de cabelo em um fruto, ou uma ferida na planta. Entre os mais comuns e difundidos sobre doenças de plantas causadas por fungos são os vários downy mofo (por exemplo, de uva, cebola, fumo), o pó mofo (por exemplo, de uva, cereja, maçã, pêssego, rosa, lilás), o smuts (por exemplo, milho, trigo, cebola), as ferrugens (e.g.,, de trigo, aveia, feijão, espargos, snapdragon, hollyhock), crosta de maçã, podridão marrom de frutos de pedra, e vários pontos de folha, blights, e wilts. Estas doenças causam grandes danos anualmente em todo o mundo, destruindo muitas culturas e outras fontes de alimento. Por exemplo, quase todas as florestas de Castanheiro dos Estados Unidos foram destruídas pelo fungo Chestnut blight (Cryphonectria parasitica), e os elms nos Estados Unidos e na Europa foram devastados por Ophiostoma ulmi, o fungo que causa a doença de elm Holandês.,a infecção de uma planta ocorre quando os esporos de um fungo patogénico caem nas folhas ou no caule de um hospedeiro e germinado susceptíveis, produzindo cada esporo um tubo germinativo. O tubo cresce na superfície do hospedeiro até encontrar uma abertura; em seguida, o tubo entra no hospedeiro, coloca ramos entre as células do hospedeiro, e forma uma rede micelial dentro do tecido invadido., O germe tubos de alguns fungos produzem especial de pressionar os órgãos chamados de appressoria, a partir do qual um microscópico, needlelike peg pressiona contra e os furos a epiderme do hospedeiro; após a penetração, um micélio se desenvolve da maneira usual. Muitos fungos parasitários absorvem alimentos das células hospedeiras através das paredes hifais pressionadas contra as paredes celulares dos tecidos internos do hospedeiro. Outros produzem haustoria (estruturas especiais absorventes) que se ramificam a partir das hifas intercelulares e penetram as próprias células., Haustoria, que pode ser curto, protrusões bulbosas ou grandes sistemas ramificados enchendo a célula inteira, são caracteristicamente produzidos por parasitas obrigatórios (isto é, invariavelmente parasitas); alguns parasitas facultativos (isto é, ocasionalmente parasitas) também os produzem. Parasitas obrigatórios, que requerem citoplasma vivo e têm necessidades nutricionais extremamente especializadas, são excepcionalmente difíceis, e muitas vezes impossíveis, de crescer em um prato de cultura em um laboratório. Exemplos de parasitas obrigatórios são as mildews downy, as mildews powdery, e os rusts.,certos fungos formam relações parasitárias altamente especializadas com insectos. Por exemplo, o gênero de fungos Septobasidium é parasitário na escala de insetos (ordem Homoptera) que se alimentam de árvores. O micélio forma estruturas elaboradas sobre colônias de insetos alimentando-se da casca. Cada inseto afunda seu probóscide (órgão de sucção tubular) na casca e permanece lá o resto de sua vida, sugando seiva. O fungo afunda a austoria nos corpos de alguns dos insectos e alimenta-se deles sem os matar. Os insetos parasitizados são, no entanto, tornados estéreis., A perpetuação das espécies de insetos e a propagação do fungo são realizadas pelos Membros não infectados da colônia, que são protegidos dos inimigos pelo corpo do fungo. Insetos recém-eclodidos rastejam sobre a superfície do fungo, que na época esporulava. Esporos de fungos aderem aos insectos Jovens e germinar. À medida que os insetos jovens se estabelecem em um novo lugar na casca para começar a se alimentar, eles estabelecem novas colônias de fungos. Assim, parte da colônia de insetos é sacrificada ao fungo como alimento em troca da proteção fúngica fornecida para o resto dos insetos., O insecto é parasita na árvore e o fungo é parasita no insecto, mas a árvore é a última vítima.
os moldes de fuligem constituem outro interessante grupo ecológico de fungos que estão associados a insectos. A maioria dos moldes de fuligem são tropicais ou subtropicais, mas algumas espécies ocorrem nas zonas temperadas. Todos os moldes de fuligem são epífitos (ou seja, crescem nas superfícies de outras plantas), mas apenas em áreas onde a escala de insetos está presente. Os fungos parasitam nem as plantas nem os insectos, mas obtêm a sua alimentação exclusivamente a partir das secreções de melada das escamas de insectos., O crescimento do micélio escuro sobre as folhas da planta, no entanto, é muitas vezes tão denso que reduz significativamente a intensidade da luz que atinge a superfície da folha; esta redução, por sua vez, reduz significativamente a taxa de fotossíntese. Associações de insetos-fungos encontrados nas florestas tropicais da América Central e do Sul incluem a relação única de formigas-caçadores (às vezes chamadas formigas parasol) com fungos da família Lepiotaceae (filo Basidiomycota)., As formigas cultivam os fungos em seus ninhos como um fornecimento de alimentos em curso e secretam enzimas que estimulam ou suprimem o crescimento dos fungos.