Dopo la dieta del 1530, Carlo lasciò la Germania per più di un decennio, occupato da problemi nel Mediterraneo, nei Paesi Bassi e, ancora una volta, in Francia. Nel 1535 fece una campagna contro Tunisi per sottomettere i pirati barbareschi che, come braccio navale degli Ottomani e come corsari e corsari, avevano reso la navigazione non sicura., La nuova guerra con la Francia fu temporaneamente interrotta nel 1538 da un trattato destinato a durare 10 anni, ma nel 1542 la Francia colpì di nuovo, insieme a diversi alleati europei, tra cui il duca di Gheldria e Cleves (o Kleve), le cui terre furono rivendicate da Carlo come parte della sua eredità borgognona. La conquista di questo ducato da parte dell’imperatore nel 1543, che ampliò notevolmente la sua base di potere, e la pace che concluse con la Francia nel 1544 (la Pace di Crépy), seguita da un armistizio nel 1545 con l’Impero ottomano, lo lasciarono finalmente libero di trattare con decisione con i protestanti tedeschi.,
La politica dell’imperatore nei confronti dei devianti religiosi era guidata dal suo concetto di impero. Il regno universale su cui sperava di regnare affrontò minacce esterne ed interne; la sua unità e il suo ordine desiderati furono assaliti da infedeli dall’esterno e da rivalità nazionali ed eresia dall’interno. Aveva affrontato la prima e la seconda minaccia; ora rivolse la sua attenzione alla terza. Il protestantesimo si era diffuso rapidamente in Germania. Più che una religione, era, dal 1540, un movimento politico a tutti gli effetti con una crescente capacità militare., Il numero di territori protestanti era recentemente cresciuto fino a includere, tra gli altri, il Brandeburgo, il Palatinato, la Sassonia Albertina e i vescovati di Colonia, Münster, Osnabrück, Naumburg e Merseburg. In Filippo d’Assia i luterani avevano un abile stratega politico. Almeno provvisoriamente, in attesa della risoluzione di tutte le questioni religiose da parte di un consiglio generale, i protestanti avevano ottenuto il riconoscimento rancoroso del loro diritto di esistere., Tale consiglio è stato effettivamente convocato da Papa Paolo III-anche se solo dopo ripetuti incitamento da parte dell’imperatore—ma ci sono stati pochi segni che gli stati protestanti avrebbero presentare. Nel 1545, quindi, Carlo decise la guerra. Trovò un pretesto nella cattura, da parte dei principi luterani, del duca di Braunschweig-Wolfenbüttel, un cattolico che aveva cercato di riconquistare le terre da cui era stato espulso dai suoi sudditi luterani., Sostenendo che questa cattura violava la legge imperiale, Carlo aprì il conflitto nel 1546, in cui fu raggiunto da Maurizio, duca di Sassonia, un ambizioso principe luterano a cui Carlo aveva segretamente promesso l’elettorato sassone. La guerra che ne seguì si divise in due fasi, la prima delle quali vide l’imperatore vittorioso nella battaglia di Mühlberg, nel 1547. Sfruttando questa forte posizione, Carlo nel 1548 costrinse le proprietà ad accettare un insediamento religioso provvisorio, alle condizioni dell’imperatore., Furono le concessioni politiche richieste da Carlo alle proprietà, tuttavia-concessioni che avrebbero limitato permanentemente la loro autonomia—che portarono a una ripresa della guerra. Tra i protestanti la guida era ora presa da Maurizio di Sassonia, che aveva abbandonato l’imperatore e aveva ottenuto il sostegno materiale dal nuovo re francese, Enrico II, per combattere sul lato protestante. La conseguente” Guerra dei principi ” fu breve (1552-53) e inconcludente, e nel 1555 fu firmata una pace in una dieta imperiale tenuta, di nuovo, ad Augusta.,
La pace di Augusta chiuse un’epoca della storia tedesca e ne aprì un’altra. Ha deciso la questione religiosa, ma lo ha fatto in un modo legato all’occasione problemi futuri. Rafforzò l’autorità dei principi sui loro territori, ma non riuscì a risolvere i loro rapporti con l’imperatore. Più importante, legalizzato luteranesimo, che stabilisce la regola, in seguito epitomized nella frase cuius regio, eius religio (”colui che governa il territorio decide la sua religione”), che ogni sovrano nell’impero—vale a dire.,, ogni principe o governo della città – poteva optare per la religione cattolica romana o luterana (jus reformandi) e che questa scelta era vincolante per tutti sotto la giurisdizione di quel sovrano. Solo una fede potrebbe legittimamente esistere in un dato stato, e che la fede doveva essere del sovrano e potrebbe essere solo cattolicesimo o luteranesimo; Calvinismo, Zwinglianism, e anabattismo sono stati esclusi. Un soggetto che non voleva vivere secondo questa scelta era libero di emigrare e portare con sé i suoi averi (una disposizione considerata liberale all’epoca)., Le proprietà della chiesa confiscate potevano essere tenute dai governi che le avevano prese. Una Riserva ecclesiastica impediva ai prelati dominanti di convertire le loro terre insieme a loro. Questi termini rendono chiaro che i veri vincitori della guerra, e di tutto il periodo della riforma, sono stati i principi territoriali, la cui autorità e il potere, che ora comprendeva la chiesa, sono stati notevolmente aumentati., Per quanto riguarda l’imperatore, abdicò in frustrazione e si ritirò in un monastero in Spagna, lasciando le sue corone spagnole e borgognone a suo figlio Filippo e l’impero e le terre asburgiche in Europa centrale a suo fratello Ferdinando. Questi due uomini, come Filippo II e Ferdinando I, cattolici di mentalità forte entrambi, dovevano svolgere un ruolo di primo piano nel periodo della controriforma e del confessionalismo che dominava l’Europa dopo il 1555.