In contrasto con i funghi saprotrofici, i funghi parassiti attaccano gli organismi viventi, penetrano nelle loro difese esterne, li invadono e ottengono nutrimento dal citoplasma vivente, causando così malattie e talvolta morte dell’ospite. La maggior parte dei funghi patogeni (che causano malattie) sono parassiti delle piante., La maggior parte dei parassiti entra nell’ospite attraverso un’apertura naturale, come uno stoma (microscopico poro d’aria) in una foglia, un lenticello (piccola apertura attraverso la corteccia) in uno stelo, un capello rotto o una presa di capelli in un frutto o una ferita nella pianta. Tra le malattie più comuni e diffuse delle piante causate dai funghi ci sono le varie muffe lanuginose (ad esempio, di uva, cipolla, tabacco), le muffe polverose (ad esempio, di uva, ciliegia, mela, pesca, rosa, lilla), le fuliggine (ad esempio, di mais, grano, cipolla), le ruggini (ad esempio,,, di grano, avena, fagioli, asparagi, bocca di leone, hollyhock), crosta di mela, marciume marrone di drupacee e varie macchie di foglie, macchie e appassimenti. Queste malattie causano grandi danni ogni anno in tutto il mondo, distruggendo molte colture e altre fonti di cibo. Ad esempio, quasi tutte le foreste di castagni degli Stati Uniti sono state distrutte dal fungo peronospora della castagna (Cryphonectria parasitica), e gli olmi sia negli Stati Uniti che in Europa sono stati devastati dall’Ophiostoma ulmi, il fungo che causa la malattia dell’olmo olandese.,
L’infezione di una pianta avviene quando le spore di un fungo patogeno cadono sulle foglie o sul gambo di un ospite suscettibile e germinano, ogni spora produce un tubo germinale. Il tubo cresce sulla superficie dell’ospite fino a trovare un’apertura; quindi il tubo entra nell’ospite, mette fuori i rami tra le cellule dell’ospite e forma una rete miceliale all’interno del tessuto invaso., I tubi germinali di alcuni funghi producono speciali organi di pressatura chiamati appressoria, da cui un microscopico piolo agugliato preme contro e fora l’epidermide dell’ospite; dopo la penetrazione, un micelio si sviluppa nel solito modo. Molti funghi parassiti assorbono il cibo dalle cellule ospiti attraverso le paretiph appressate contro le pareti cellulari dei tessuti interni dell’ospite. Altri producono haustoria (strutture assorbenti speciali) che si diramano dalleph intercellulari e penetrano nelle cellule stesse., Gli haustoria, che possono essere brevi protrusioni bulbose o grandi sistemi ramificati che riempiono l’intera cellula, sono tipicamente prodotti da parassiti obbligati (cioè invariabilmente parassiti); alcuni parassiti facoltativi (cioè occasionalmente parassiti) li producono anche. I parassiti obbligati, che richiedono un citoplasma vivente e hanno esigenze nutrizionali estremamente specializzate, sono eccezionalmente difficili e spesso impossibili da coltivare in un piatto di coltura in laboratorio. Esempi di parassiti obbligati sono le muffe lanuginose, le muffe polverose e le ruggini.,
Alcuni funghi formano relazioni parassitarie altamente specializzate con gli insetti. Ad esempio, il genere fungino Septobasidium è parassita di cocciniglie (ordine Homoptera) che si nutrono di alberi. Il micelio forma strutture elaborate su colonie di insetti che si nutrono della corteccia. Ogni insetto affonda la sua proboscide (organo succhiante tubolare) nella corteccia e rimane lì per il resto della sua vita, succhiando linfa. Il fungo affonda haustoria nei corpi di alcuni degli insetti e si nutre di loro senza ucciderli. Gli insetti parassitati sono, tuttavia, resi sterili., La perpetuazione delle specie di insetti e la diffusione del fungo sono compiute dai membri non infetti della colonia, che sono protetti dai nemici dal corpo del fungo. Le cocciniglie appena schiuse strisciano sulla superficie del fungo, che è in quel momento sporulating. Le spore fungine aderiscono ai giovani insetti e germinano. Mentre i giovani insetti si sistemano in un nuovo posto sulla corteccia per iniziare a nutrirsi, stabiliscono nuove colonie fungine. Pertanto, parte della colonia di insetti viene sacrificata al fungo come cibo in cambio della protezione fungina fornita per il resto degli insetti., L’insetto è parassita sull’albero e il fungo è parassita sull’insetto, ma l’albero è la vittima finale.
Le muffe fuligginose costituiscono un altro interessante gruppo ecologico di funghi associati agli insetti. La maggior parte delle muffe fuligginose sono tropicali o subtropicali, ma alcune specie si verificano nelle zone temperate. Tutte le muffe fuligginose sono epifite (cioè crescono sulle superfici di altre piante), ma solo in aree in cui sono presenti cocciniglie. I funghi non parassitano né le piante né gli insetti ma ottengono il loro nutrimento esclusivamente dalle secrezioni melate delle cocciniglie., La crescita del micelio scuro sulle foglie della pianta, tuttavia, è spesso così densa da ridurre significativamente l’intensità della luce che raggiunge la superficie fogliare; questa riduzione a sua volta riduce significativamente il tasso di fotosintesi. Le associazioni di insetti e funghi presenti nelle foreste tropicali dell’America centrale e meridionale includono la relazione unica delle formiche tagliafoglia (a volte chiamate formiche parasole) con i funghi della famiglia Lepiotaceae (phylum Basidiomycota)., Le formiche coltivano i funghi nei loro nidi come rifornimento di cibo in corso e secernono enzimi che stimolano o sopprimono la crescita dei funghi.