după dieta din 1530, Charles a părăsit Germania mai mult de un deceniu, ocupat de probleme în Marea Mediterană, Olanda și, din nou, Franța. În 1535 a militat împotriva Tunisului pentru a-i supune pe pirații barbari care, ca braț naval al otomanilor și ca corsari și soldați, făceau navigația nesigură., Războiul reînnoit cu Franța a fost oprit temporar în 1538 printr-un tratat menit să dureze 10 ani, dar în 1542 Franța a lovit din nou, împreună cu mai mulți aliați europeni, inclusiv ducele de Gelderland și Cleves (sau Kleve), ale căror terenuri au fost revendicate de Charles ca parte a moștenirii sale burgunde. Cucerirea de către împărat a acestui ducat în 1543, care i-a lărgit considerabil baza de putere, și pacea pe care a încheiat-o cu Franța în 1544 (Pacea de la Crépy), urmată de un armistițiu în 1545 cu Imperiul Otoman, l-au lăsat în sfârșit liber să se ocupe decisiv de protestanții germani.,politica împăratului față de devianții religioși a fost ghidată de conceptul său de imperiu. Tărâmul universal peste care spera să domnească se confrunta cu amenințări externe și interne; unitatea și ordinea dorită au fost asaltate de necredincioși din afară și de rivalitățile naționale și de erezia din interior. El a avut de-a face cu prima și a doua amenințare; acum și-a îndreptat atenția spre a treia. Protestantismul s-a răspândit rapid în Germania. Mai mult decât o religie, a fost, până în anii 1540, o mișcare politică deplină, cu o capacitate militară în creștere., Numărul teritoriilor protestante a crescut recent, incluzând, printre altele, Brandenburg, Palatinat, Saxonia Albertină și episcopiile de Köln, Münster, Osnabrück, Naumburg și Merseburg. În Filip de Hesse, Luteranii aveau un strateg politic capabil. Cel puțin provizoriu, până la soluționarea tuturor problemelor religioase de către un consiliu general, protestanții au câștigat recunoașterea ranchiunoasă a dreptului lor de a exista., Un astfel de conciliu a fost convocat de fapt de Papa Paul al III—lea—deși numai după repetate îndemnuri de către împărat-dar au existat puține semne că Statele protestante s-ar supune. Prin urmare, în 1545, Charles a decis războiul. El a găsit un pretext în capturarea, de către prinții luterani, a ducelui de Braunschweig-Wolfenbüttel, un catolic care încercase să recucerească pământurile din care fusese expulzat de supușii săi luterani., Susținând că această capturare a încălcat legea imperială, Charles a deschis conflictul în 1546, în care i s-a alăturat Maurice, ducele de Saxonia, un ambițios prinț luteran căruia Charles îi promisese în secret electoria saxonă. Războiul care a urmat a căzut în două faze, dintre care prima a văzut împăratul victorios la Bătălia de la Mühlberg, în 1547. Valorificând această poziție puternică, Carol în 1548 a forțat moșiile să accepte o așezare religioasă provizorie, temporară, în condițiile împăratului., Concesiile politice pe care Charles le—a cerut de la moșii—concesii care le-ar fi limitat permanent autonomia-au dus la reluarea războiului. Printre protestanți conducerea a fost luată acum de Maurice de Saxonia, care a abandonat împăratul și a obținut sprijin material de la noul rege francez, Henric al II-lea, pentru lupta de partea protestantă. „Războiul prinților” rezultat a fost scurt (1552-53) și neconcludent, iar în 1555 a fost semnată o pace la o dietă imperială ținută, din nou, la Augsburg.,Pacea de la Augsburg a închis o epocă a istoriei germane și a deschis alta. Ea a decis problema religioasă, dar a făcut acest lucru într-un mod legat de problemele viitoare. Aceasta a întărit autoritatea prinților asupra teritoriilor lor, dar nu a reușit să-și stabilească relațiile cu împăratul. Cel mai important, a legalizat luteranismul, stabilind regula, mai târziu rezumată în sintagma cuius regio, eius religio („cel care guvernează teritoriul își decide religia”), că fiecare conducător din imperiu—adică.,, fiecare prinț sau guvern al orașului-ar putea opta fie pentru religia romano-catolică, fie pentru religia Luterană (jus reformandi) și că această alegere era obligatorie pentru toți cei aflați sub jurisdicția acelui conducător. O singură credință putea exista în mod legitim într-o anumită stare și acea credință trebuia să fie a domnitorului și nu putea fi decât catolicism sau Luteranism; Calvinismul, Zwinglianismul și Anabaptismul au fost excluse. Un subiect care nu dorea să trăiască prin această alegere era liber să emigreze și să-și ia bunurile cu el (o dispoziție considerată liberală la acea vreme)., Proprietățile confiscate ale bisericii ar putea fi păstrate de guvernele care le-au luat. O rezervație ecleziastică i-a împiedicat pe prelații de la putere să-și convertească pământurile împreună cu ei. Acești Termeni arată clar că adevărații câștigători ai războiului și ai întregii perioade de reformă au fost prinții teritoriali, a căror autoritate și putere, care acum cuprindea biserica, au crescut foarte mult., În ceea ce privește împăratul, el a abdicat în frustrare și s-a retras la o mănăstire din Spania, lăsând coroanele sale spaniole și burgunde fiului său Filip și imperiului și ținuturilor habsburgice din Europa Centrală fratelui său Ferdinand. Acești doi bărbați, precum Filip al II-lea și Ferdinand I, catolici puternici, aveau să joace roluri proeminente în perioada Contrareformei și confesionalismului care au dominat Europa după 1555.
