Una de las cuestiones fundamentales en la investigación de empalme de ARN se representa mediante la comprensión de cómo el spliceosoma puede definir con éxito exones e intrones en una gran variedad de moléculas pre-ARNm con precisión de nucleótidos. Desde su primera descripción, Los investigadores en este campo han identificado y caracterizado muchos elementos fundamentales y actores capaces de afectar el proceso de empalme, tanto de manera negativa como positiva., De hecho, se puede argumentar que hoy sabemos mucho sobre las fuerzas que hacen un exón, un exón y un intrón, un intrón. Como se discutirá en esta revisión, estas decisiones son el resultado de un control combinatorio complejo resultante de muchos factores/influencias diferentes., Más importante aún, estas influencias actúan a través de varios niveles de complejidad a partir de la interacción relativamente simple entre dos sitios de empalme de consenso 5′ y 3′ a factores mucho más complejos: como la interacción entre secuencias de silenciador o potenciador, processividad transcripcional, entorno genómico, posicionamiento de nucleosomas y modificaciones de histonas a nivel de cromatina. Dependiendo de los contextos locales, todos estos factores actuarán de forma antagónica o sinérgica para decidir el destino exón / intrón de cualquier secuencia de ARN dada., En la actualidad, sin embargo, lo que todavía nos falta es una comprensión precisa de cómo todos estos procesos se suman para ayudar al spliceosoma a llegar a una decisión. Por lo tanto, se espera que los desafíos futuros en la investigación de empalme sean la caracterización cuidadosa de todas estas influencias para mejorar nuestra capacidad de predecir las opciones de empalme en diferentes organismos o en contextos específicos.
