En 1082 derrotó al Rey Moro (Árabe) de Lérida y al aliado del Rey, El Conde de Barcelona. En 1084 derrotó a un gran ejército liderado por el rey Sancho Ramírez de Aragón.
en 1086 Alfonso VI fue atacado por los ejércitos almorávides del Norte de África. Sufrió una gran derrota en Sagrajas el 23 de octubre. Dándose cuenta de que necesitaba la ayuda de El Cid para salvar su reino, Alfonso recordó a El Cid del exilio.
El Cid regresó a Alfonso, pero ahora tenía sus propios planes. Solo se quedó un corto tiempo y regresó a Zaragoza., El Cid se contentó con dejar que los ejércitos almorávides y los ejércitos de Alfonso lucharan sin su ayuda. Incluso cuando existía la posibilidad de que los ejércitos de almorávide derrotaran a Alfonso y se apoderaran de todas las tierras de Alfonso. La razón por la que el Cid no quería luchar era porque esperaba que ambos ejércitos se debilitaran. Eso haría más fácil para él llevar a cabo su propio plan que era convertirse en gobernante del Reino de Valencia.
Lo primero que el Cid necesitaba hacer era eliminar la influencia del Conde de Barcelona., Barcelona era la principal ciudad de la zona y el conde era un hombre poderoso. Derrotó al Conde (Berenguer Ramón II) en la batalla de Tébar en mayo de 1090. Valencia, sin embargo, fue gobernada por un líder árabe, Al-Qadir. El Cid tuvo suerte cuando en octubre de 1092 al-Qadir fue asesinado por uno de sus nobles, Ibn Jahhaf. La ciudad de Valencia fue confundida. Fue en ese momento cuando el Cid decidió atacar. Rodeó la ciudad y comenzó un largo asedio. En mayo de 1094 Ibn Jahhaf rindió la ciudad.
aunque el Cid era un soldado entendió algunas de las políticas de ser un gobernante., A través de su servicio a Sancho II y luego a Alfonso VI aprendió sobre la política española. A través de su servicio a Al-Mu’tamin y al-Musta’in aprendió sobre la política árabe. Sabía que debido a que Valencia contenía un gran número de Moros (Árabes), tendría que contar con el apoyo de Ibn Jahhaf. Perdonó a Ibn Jahhaf de todos sus crímenes, incluido el asesinato de Al-Qadir. Ibn Jahhaf accedió a usar su influencia sobre los moros para que aceptaran a El Cid como su gobernante. Una vez que esto se logró, el Cid decidió que no necesitaba a Ibn Jahhaf y lo arrestó y mató.,
El Cid técnicamente gobernó Valencia por Alfonso. Pero, Alfonso no estaba a punto de hacer la guerra contra El Cid, por lo que lo dejó gobernar casi sin control. El Cid comenzó a actuar como rey. Nombró un obispo y animó a la gente a establecerse en Valencia. Se casó con una hija, Cristina con un príncipe de Aragón, Ramiro y su otra hija María con el conde de Barcelona, Ramón Berenguer III, cuyo padre había derrotado anteriormente.
