después de la dieta de 1530, Carlos dejó Alemania durante más de una década, ocupado con problemas en el Mediterráneo, los Países Bajos y, una vez más, Francia. En 1535 hizo campaña contra Túnez para someter a los piratas berberiscos que, como brazo naval de los otomanos y como corsarios y corsarios, habían estado haciendo insegura la navegación., La guerra renovada con Francia se detuvo temporalmente en 1538 por un tratado que debía durar 10 años, pero en 1542 Francia atacó de nuevo, junto con varios aliados europeos, incluido el duque de Güeldres y Cléveris (o Kleve), cuyas tierras fueron reclamadas por Carlos como parte de su herencia borgoñona. La conquista de este ducado por el emperador en 1543, que amplió considerablemente su base de poder, y la paz que concluyó con Francia en 1544 (La Paz de Crépy), seguida de un armisticio en 1545 con el Imperio Otomano, lo dejó libre al fin para tratar decisivamente con los protestantes alemanes.,
la política del emperador hacia los desviados religiosos fue guiada por su concepto de Imperio. El Reino universal sobre el que esperaba reinar se enfrentaba a amenazas externas e internas; su unidad y orden deseados fueron atacados por infieles desde fuera y por rivalidades nacionales y herejías desde dentro. Había tratado con la primera y la segunda amenazas; ahora volvió su atención a la tercera. El protestantismo se había extendido rápidamente en Alemania. Más que una religión, era, en la década de 1540, un movimiento político de pleno derecho con una creciente capacidad militar., El número de territorios protestantes había crecido recientemente para incluir, entre otros, Brandeburgo, el Palatinado, Sajonia Albertina, y los obispados de Colonia, Münster, Osnabrück, Naumburg y Merseburg. En Felipe de Hesse los luteranos tenían un estratega político capaz. Al menos provisionalmente, a la espera de la solución de todas las cuestiones religiosas por un consejo general, los protestantes habían ganado el reconocimiento a regañadientes de su derecho a existir., Tal Concilio fue convocado por el Papa Pablo III-aunque solo después de ser insistido repetidamente por el emperador – pero había pocas señales de que los Estados protestantes se someterían. En 1545, por lo tanto, Carlos decidió la guerra. Encontró un pretexto en la captura, por príncipes luteranos, del Duque De Braunschweig-Wolfenbüttel, un católico que había tratado de reconquistar las tierras de las que había sido expulsado por sus súbditos luteranos., Afirmando que esta captura violaba la ley imperial, Carlos abrió el conflicto en 1546, en el que se le unió Mauricio, duque de Sajonia, un ambicioso Príncipe Luterano a quien Carlos había prometido secretamente el electorado Sajón. La guerra subsiguiente se dividió en dos fases, la primera de las cuales vio al emperador victorioso en la Batalla de Mühlberg, en 1547. Capitalizando esta fuerte posición, Carlos en 1548 obligó a los Estados a aceptar un asentamiento religioso provisional, en los términos del emperador., Sin embargo, fueron las concesiones políticas que Carlos exigió a los Estados, concesiones que habrían limitado permanentemente su autonomía, las que llevaron a la reanudación de la guerra. Entre los protestantes, el liderazgo fue tomado por mauricio de Sajonia, que había abandonado al emperador y había obtenido apoyo material del nuevo rey francés, Enrique II, para luchar en el lado protestante. La «Guerra de los Príncipes» resultante fue breve (1552-53) e inconclusa, y en 1555 se firmó una paz en una Dieta imperial celebrada, de nuevo, en Augsburgo.,
La Paz de Augsburgo cerró una época de la historia alemana y abrió otra. Decidió la cuestión religiosa, pero lo hizo de una manera destinada a causar problemas futuros. Reforzó la Autoridad de los príncipes sobre sus territorios, pero no pudo resolver sus relaciones con el emperador. Lo más importante, legalizó el luteranismo, estableciendo la regla, más tarde personificada en la frase cuius regio, eius religio («el que gobierna el territorio decide su religión»), que cada gobernante en el Imperio—i. e.,, cada príncipe o gobierno de la ciudad-podría optar por la religión católica o Luterana (jus reformandi) y que esta elección era vinculante para todos bajo la jurisdicción de ese gobernante. Solo una fe podía existir legítimamente en un estado dado, y esa fe tenía que ser del gobernante y solo podía ser Catolicismo o luteranismo; el calvinismo, el Zuinglianismo y el Anabautismo estaban excluidos. Un sujeto no dispuesto a vivir por esta opción era libre de emigrar y llevarse sus pertenencias con él (una disposición considerada liberal en ese momento)., Las propiedades confiscadas de la Iglesia podían ser retenidas por los gobiernos que las habían tomado. Una reserva Eclesiástica impidió a los prelados gobernantes convertir sus tierras junto con ellos. Estos Términos dejan claro que los verdaderos ganadores de la guerra, y de todo el período de la Reforma, fueron los príncipes territoriales, cuya autoridad y poder, que ahora abarcaba a la iglesia, se incrementaron enormemente., En cuanto al emperador, abdicó frustrado y se retiró a un monasterio en España, dejando sus coronas españolas y borgoñonas a su hijo Felipe y el Imperio y las tierras de los Habsburgo en Europa Central a su hermano Fernando. Estos dos hombres, como Felipe II y Fernando I, Católicos de mente firme, desempeñarían papeles prominentes en el período de Contrarreforma y confesionalismo que dominó Europa después de 1555.
