estudiante de la naturaleza
en 1861 Muir entró en la Universidad de Wisconsin para estudiar ciencias. También intentó estudiar medicina, pero pronto lo abandonó por varios trabajos que desafiaron su habilidad para inventar cosas. Su interés por la naturaleza, particularmente las plantas, estaba creciendo; hizo viajes frecuentes a través de Wisconsin y estados cercanos para observar la vida vegetal. En 1867 renunció a sus propias invenciones «para estudiar las invenciones de Dios.,»Se puso en marcha en la caminata descrita en A Thousand Mile Walk to the Gulf (1916). En realidad, fue tan lejos como Cuba. En 1868 viajó a San Francisco, California, y trabajó en un rancho de ovejas. Explorar el Valle de Yosemite ocupó gran parte de sus siguientes seis años. En todas sus exploraciones mantuvo un diario de observaciones científicas y personales y también dibujos a lápiz.
en 1880, después de regresar de explorar en Alaska, Muir se casó con Louie Wanda
Strentzel, la hija de un polaco cultivador de plantas. Tendrían dos hijos. En 1881, después de otro viaje a Alaska, Muir se estableció en un rancho de frutas cerca de Martínez, California. Trabajó durante diez años para ganar suficiente dinero que le permitiera parar. Habiendo mantenido permanentemente a su esposa, dos hijas y a sí mismo, dirigió toda su atención al estudio de la naturaleza. Los glaciares y la congelación le interesaron particularmente, y su trabajo contribuyó a una explicación del proceso por el cual se forman los glaciares. También realizó expediciones a Europa, Asia y Australia.