en contraste con los hongos saprotróficos, los hongos parásitos atacan a los organismos vivos, penetran en sus defensas externas, los invaden y obtienen alimento del citoplasma vivo, causando enfermedad y a veces muerte del huésped. La mayoría de los hongos patógenos (causantes de enfermedades) son parásitos de las plantas., La mayoría de los parásitos entran en el huésped a través de una abertura natural, como un estoma (poro microscópico de aire) en una hoja, una lenticela (pequeña abertura a través de la corteza) en un tallo, un cabello roto de la planta o una cavidad del cabello en una fruta, o una herida en la planta. Entre las enfermedades más comunes y extendidas de las plantas causadas por hongos se encuentran los diversos mildews vellosos (por ejemplo, de uva, cebolla, tabaco), los mildews polvorientos (por ejemplo, de uva, cereza, manzana, melocotón, rosa, lila), los smuts (por ejemplo, de maíz, trigo, cebolla), las oxidaciones (por ejemplo.,, de trigo, avena, frijoles, espárragos, snapdragon, hollyhock), costra de manzana, podredumbre marrón de frutas de hueso, y varias manchas de hojas, tizones y marchitez. Estas enfermedades causan grandes daños anualmente en todo el mundo, destruyendo muchos cultivos y otras fuentes de alimentos. Por ejemplo, casi todos los bosques de castaños de los Estados Unidos han sido destruidos por el hongo del tizón del castaño (Cryphonectria parasitica), y los Olmos tanto en los Estados Unidos como en Europa han sido devastados por Ophiostoma ulmi, el hongo que causa la enfermedad del olmo holandés.,
la infección de una planta tiene lugar cuando las esporas de un hongo patógeno caen sobre las hojas o el tallo de un huésped susceptible y germinan, cada espora produce un tubo germinal. El tubo crece en la superficie del huésped hasta que encuentra una abertura; luego el tubo entra en el huésped, extiende ramas entre las células del huésped y forma una red micelial dentro del tejido invadido., Los tubos germinales de algunos hongos producen órganos de presión especiales llamados appressoria, desde los cuales una clavija microscópica y punzante presiona y perfora la epidermis del huésped; después de la penetración, un micelio se desarrolla de la manera habitual. Muchos hongos parásitos absorben los alimentos de las células del huésped a través de las paredes hifales colocadas contra las paredes celulares de los tejidos internos del huésped. Otros producen haustoria (estructuras absorbentes especiales) que se ramifican desde las hifas intercelulares y penetran en las propias células., La Haustoria, que puede ser protuberancias bulbosas cortas o grandes sistemas ramificados que llenan toda la célula, se produce característicamente por parásitos obligados (es decir, invariablemente parásitos); algunos parásitos facultativos (es decir, ocasionalmente parásitos) también los producen. Los parásitos obligados, que requieren citoplasma vivo y tienen requisitos nutricionales extremadamente especializados, son excepcionalmente difíciles, y a menudo imposibles, de crecer en un plato de cultivo en un laboratorio. Ejemplos de parásitos obligados son el mildews velloso, el mildews polvoriento, y las oxidaciones.,
ciertos hongos forman relaciones parasitarias altamente especializadas con insectos. Por ejemplo, el género de hongos Septobasidium es parásito de los insectos escamas (orden Homoptera) que se alimentan de los árboles. El micelio forma estructuras elaboradas sobre colonias de insectos que se alimentan de la corteza. Cada insecto hunde su probóscide (órgano tubular de succión) en la corteza y permanece allí el resto de su vida, chupando savia. El hongo hunde la haustoria en los cuerpos de algunos de los insectos y se alimenta de ellos sin matarlos. Los insectos parasitados son, sin embargo, estériles., La perpetuación de las especies de insectos y la propagación del hongo son logradas por los miembros no infectados de la colonia, que están protegidos de los enemigos por el cuerpo del hongo. Los insectos escamas recién nacidos se arrastran sobre la superficie del hongo, que en ese momento está esporulando. Las esporas de hongos se adhieren a los insectos jóvenes y germinan. A medida que los insectos jóvenes se establecen en un nuevo lugar en la corteza para comenzar a alimentarse, establecen nuevas colonias de hongos. Por lo tanto, parte de la colonia de insectos se sacrifica al hongo como alimento a cambio de la protección fúngica proporcionada para el resto de los insectos., El insecto es parásito en el árbol y el hongo es parásito en el insecto, pero el árbol es la víctima final.
los mohos de hollín constituyen otro interesante grupo ecológico de hongos que están asociados con los insectos. La mayoría de los mohos son tropicales o subtropicales, pero algunas especies se encuentran en las zonas templadas. Todos los mohos de hollín son epífitos (es decir, crecen en las superficies de otras plantas), pero solo en áreas donde están presentes los insectos escamas. Los hongos no parasitan a las plantas ni a los insectos, sino que obtienen su alimento exclusivamente de las secreciones de melaza de los insectos de escamas., El crecimiento del micelio oscuro sobre las hojas de la planta, sin embargo, es a menudo tan denso como para reducir significativamente la intensidad de la luz que llega a la superficie de la hoja; esta reducción a su vez reduce significativamente la tasa de fotosíntesis. Las asociaciones de insectos y hongos que se encuentran en los bosques tropicales de América Central y del Sur incluyen la relación única de las hormigas cortadoras de hojas (a veces llamadas hormigas parasol) con los hongos de la familia Lepiotaceae (filo Basidiomycota)., Las hormigas cultivan los hongos en sus nidos como un suministro continuo de alimentos y secretan enzimas que estimulan o suprimen el crecimiento de los hongos.